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The Fractal Window

    Jean Paul Rigaut  

1944 - 2005

Jean Paul était un chercheur né : à l'age de 3 ans sa mère lui montrait à un psychiâtre car elle trouvait anormal qu'il passait des heures à regarder des feuilles et d'autres objets naturels ; il lui a dit que son fils était tout à fait normal, simplement très intelligent !  Il n'aimait pourtant pas être décrit comme "chercheur", disant que le vrai mot francais était "savant", ce qu'il n'hésitait pas d'inscrire comme profession sur des formulaires administratifs.

A l'age de 7 ans, la famille Rigaut est partie à Londres pour le travail du père et y est restée pendant 5 ans. Jean Paul allait au lycée francais et est donc devenu bilingue - ce qui lui a été très utile par la suite.  En arrivant là bas, et encore en rentrant, il a sauté de classe et a donc passé son bac à l'age tendre de 15 ans, sans jamais avoir formellement appris la grammaire, ce qui ne l'empechait pas d'écrire en très bon francais - et anglais !  En dépit de son penchant inéluctable pour la recherche, il a d'abord fait de la médecine, jugée par sa famille plus respectable et lucrative que la science (il se disait le plus jeune étudiant de tous les temps en médecine à Paris).  Il n'a jamais regretté ce choix, mais dès la fin de ses études de médecine - et tout en travaillant comme médecin en milieu hôpitalier - il s'est inscrit à la fac de science (maîtrise de biochimie de l'Université Paris 7 en 1972,  DEA d'embryologie de Paris 6 en 1974, doctorat de 3^ème cycle en biologie à Paris Nord en 1978).

Pendant ces dernières années, il travaillait comme médecin dans le secteur public, éssentiellement dans le département de la Seine-Saint-Denis (93). Ses domaines choisis étaient la Maternité et la Néonatologie.  Il a assisté à la naissance des milliers de bébés et a conduit des examens néonataux aux hôpitaux de Saint-Denis et d'Aulnay-sous-Bois.  Sa thèse de médecine (1970) portait sur le dépistage des hanches luxables chez les nouveaux-nés à travers d'un examen clinique systématique, ce qui permet un traitement très efficace par le port d'une culotte spéciale pendant les premiers mois de la vie.  Il a conclu que "seul un dépistage néo-natal en maternité peut permettre d'envisager une éradication des conséquences de la maladie luxante des hanches".  Son activité en néonatologie à Aulnay a continué bien après son intégration - en 1980 - comme fonctionnaire à l'Université Paris Nord et ensuite à l'INSERM, et c'était un vrai plaisir de voir avec quelle tendresse il prenait et examinait les nouveaux-nés.  C'était cependant une des grandes tristesses de sa vie que ses conseils en la matière de dépistage précoce des hanches luxables n'ont pas été suivis par l'Etat. Et c'est peut être en partie pour celà qu'il a enfin arrété toute activité clinique en 1988.

En dehors de ces activités hôpitalières, Jean Paul travaillait comme médecin de crêche (à Saint-Denis et à Pierrefitte) - où il encourageait les mamans à donner à manger des choses gouteuses, comme le Roquefort, à leurs enfants - et assurait pour la DDASS des consultations gratuites dans le grand bidonville du Chemin de Marville à Saint-Denis.  A ce titre, il était un des rares personnes de l'extérieur admises dans le bidonville, où on l'apellait "le médecin en sandales". C'était de toute évidence une expérience très marquante.

A partir de 1975, Jean Paul était aussi enseignant-vacataire en biologie à l'Université Paris Nord (93), où il préparait en même temps sa thèse de science.  A cet époque, ses travaux scientifiques n'avaient rien à voir avec la médecine ; ils portaient sur des isoenzymes des … poissons ! Jean Paul aimait raconter comment il allait chez le poissonnier chercher des éspèces différents pour poursuivre ses expériences (plus tard dans sa vie il s'est mis a cuisiner … des poissons!).  Suite à sa thèse, soutenue en 1978, on l'a proposé une poste à L'Institut Francais de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER) à Roscoff.  Amoureux de la Bretagne, il a du être très tenté, mais finalement cela ne s'est pas fait et, en octobre 1980, il a été recu comme maître assistant à temps plein à Paris Nord.  Il a donc cessait presque toute activité clinique, ne gardant qu'une activité très reduite en néonatologie à l'hôpital d'Aulnay-sous-Bois.

Ses recherches se sont poursuivis dans le Laboratoire de Biologie du Développement et de la Différenciation de l'UFR Biomédicale de l'Université Paris Nord à Bobigny, dirigé par Mme M-T Chalumeau. Il a donc abandonné ses recherches sur les poissons pour se rapprocher au biomédical, en particulier le cancérogénèse. Michel Kraëmer, Jean Foucrier et Jany Vassy étaient de ses collègues proches et ils formaient une petite équipe bien soudée. C'était pour lui une période heureuse où on travaillait dur et rigolait beaucoup. Toujours passionné par les modèles (biologique ou mathématique), et pour repondre aux besoins mathématiques du laboratoire, il s'est orienté progressivement vers les méthodes quantitatives : d'abord la stéreologie, devenant membre de l'ISS (International Society for Stereology) en 1979, puis - très rapidement - l'analyse d'images.  Il a été parmi les premiers à travailler sur l'estimation de paramêtres stéreologiques par analyse d'images automatisée (premier publication : Caryometric determination of ploidy by automated image analysis (Leitz TAS) on liver sections, Mikroscopie 1980). Après ses premiers travaux sur le TAS de Leitz, il a pu obtenir (pas sans difficultés d'importation d'Allemagne), le premier IBAS (Kontron) en France. C'était à cet époque (en partie pour défrayer une partie du coût de l'IBAS) que Jean Paul a accepté un contrat avec la Commission Européenne de préparer un rapport officiel sur les effets toxiques du nickel, ce qu'il n'a pas fait à moitié car son rapport, complété en 1983, comptait 1009 pages !  Par la suite, il participait en tant qu'expert consultant pour la Commision au Groupe de Travail de l'OMS (Copenhague) pour les Directives sur la Qualité de l'Air pour les Polluants Inorganiques Cancérigènes (1984-1987) et au Comité Directeur International sur l'Evaluation de l'Epidémiologie du Nickel, présidé par Sir Richard Doll (1984-1990). A Bobigny, son enseignement innovateur d'épidemiologie a inspiré au moins une de ses étudiants à faire une carrière en évaluation de risque ; elle raconte que son cours était le seul où on apprenait des choses nouvelles au cour de l'examen, et qu'elle essai de suivre cet exemple avec ses propres étudiants à l'Université de Montréal.

L'arrivé de l'IBAS a Bobigny a posé des graves problèmes de place, résolus (très temporairement) par Mme Chalumeau déplacant son bureau dans le couloir pour faire installer l'IBAS dans son bureau ! A la suite de quoi la situation s'est immédiatement débloquée et Jean Paul s'est mis avec son enthousiasme légendaire à développer des programmes informatiques qu'il partageait généreusement avec ses collaborateurs dans plusieurs pays d'Europe. C'était une période très productive et riche en collaborations, notamment avec des laboratoires en Algérie, en Norvège et en Suède.  Certains de ces collaborations ont continué pendant de longues années et ont conduit à des amitiés très profonde et durable.

En 1984, Jean Paul a passé sa troisième thèse - celle du Doctorat d'Etat ès-Sciences Naturelles - qui rassemblait ses travaux sur les modèles morphométriques et leur utilisation en biométrie automatisée par ordinateur.  Il a ensuite quitté Bobigny pour l'Unité de Recherches Biomathématiques et Biostatistiques à Jussieu (URBB, U263-INSERM, directeur : Alain-jacques Valleron), où il a été rejoint, quelques années plus tard, par Jany Vassy. A l'URBB, il était résponsable de l'équipe d'Analyse d'Images et enseignait l'analyse d'images dans le cadre du DEA de biomathématiques de l'Université Paris 7. Nommé Directeur de Recherche INSERM en 1988, il est resté à l'URBB jusqu'à la renouvellement de l'unité en 1995.  Pendant cette période il a dirigé plusieurs étudiants sur des sujets allant de l'utilisation de la stéreologie pour interpréter les histograms d'ADN sur des coupes de noyaux à des méthodes de simulation par ordinateur et gradings pronostiques en histopathologie. Dieter König, spécialist allemand de processus de points, a passé un an dans son équipe et a co-dirigé une thèse utilisant ces méthodes pour analyser l'architecture tissulaire en pathologie cellulaire. De son coté, Jean Paul s'est aussi intéressé de plus en plus aux fractales (J. Microsc 1984) et participait régulièrement - et jusqu'en mars 2004 - aux symposiums de fractales organisés par Gabriele Losa à Ascona en Suisse.

Un jour, Jean Paul est revenu très excité d'un congrès à Cambridge, où il venait de voir pour le premier fois une demonstration du nouvel microscope confocal. C'était une revolution - et il lui en fallait un immédiatement ! Des fonds prévus pour autres choses ont pu être réquisitionnés, et le premier microscope confocale (Biorad) est arrivé très rapidement dans l'équipe. En collaboration étroite avec Jany Vassy (toujours à Bobigny, mais qui rejoignait par la suite Jussieu) pour la préparation de spécimens, le travail en microscopie confocale battait à plein le cœur (développement de nouvelles méthodes quantitatives et applications de toute sorte).

En 1995, bien que gravement malade (tumeur de cerveau diagnostiqué en août 1994), Jean Paul a réalisé son ambition de fonder son propre laboratoire d'analyse d'images en pathologie cellulaire (AIPC), acceulli dans l'Institut Universitaire d'Hématologie (Université Paris 7), à l'hôpital Saint-Louis. Grâce à l'installation d'une petite laboratoire de biologie (qui n'existait pas à Jussieu) et le proximité dans l'Institut d'autres biologistes, les collaborations en microscopie confocale ont augmenté, tandis que l'arrivé de Damien Schoëvaërt au laboratoire a permis d'ajouter des travaux en analyse d'image de cellules vivantes. Les travaux en histopathogie se sont recentrés sur les cancers de la prostate et du sein.  Avec de nouvels étudiants, Jean Paul s'est attaqué au problème posé par l'hétérogénéité tumorale dans le pronostique de ses cancers. Il a participé à 3 des 4 atéliers sur l'hétérogénéité à Kananaskis au Canada. Il a eu l'idée d'utiliser des méthodes de géostatistiques pour quantifier le dégrè d'hétérogénéité intra-tumorale à partir d'un seul coupe histologique d'une biopsie. Sa dernière étudiante, Vénus Sharifi-Salamatian, a soutenu sa thèse à ce sujet en novembre 2002 et leur dernier article a été publié en 2004 (J Microsc).

Au cours de ses 25 ans de recherche scientifique, Jean Paul a publié ou co-publié un total de 75 articles dans des revues à comité de lecture, dont 30 en premier auteur, et a contribué une vingtaine de chapitres dans des livres. Ses revues de prédilection étaient le Journal of Microscopy, pour les articles plus méthodologiques (11 articles dont 6 en premier), avec Analytical Cellular Pathology (ACP), Analytical Quantitative Cytology and Histology (AQCH) et Cytometry, pour les applications en pathologie cellulaire (14 articles, la plupart en tant que co-auteur avec un de ses étudiants). Il a aussi beaucoup contribué à Acta Stereologica. Il a fait partie des comités d'édition de tous ces revues et était un "referee" très sollicité à cause de sa rigueur scientifique et la pertinence de ses commentaires. Il était un membre actif et bien connu de plusieurs sociétés, notamment the International Society for Stereology (ISS), the Royal Microscopical Society (RMS), the International Society for Analytical Cellular Pathology (ISAC), the European Society for Analytical Cellular Pathology (ESACP), the International Society for Diagnostic Quantitative Pathology (ISDQP), l' Association Francaise de Cytométrie (AFC, membre d'honneur depuis 1998) et la Société Francaise de Biologie Théorique (SFBT). Il a beaucoup voyagé et a présenté ou co-présenté un grand nombre de communications dans des congrès nationaux et internationaux.  Ses anciens élèves se sont dispersés poursuivre leurs carrières un peu partout, aussi bien aux Etats Unis et au Canada qu'en France et ailleurs en Europe. Il a fait de nombreux amis un peu partout dans le monde et il va sûrement leur manquer.

Sur un note plus personnelle :

J'ai eu le privilège de partager la vie de Jean Paul pendant 21 ans.  Nous nous sommes connus à travers les congrès de stéréologie, d'abord à Ljubljana en 1981, mais sûrtout - et explosivement - à Gainesville en Floride en 1983, et nous étions donc un couple "stéréologique". Je lui dois énormement, à la fois sur le plan personnel et sur le plan professionnel.  Il me manque et me manquera toujours beaucoup, mais il m'a laissé tant de souvenirs inoubliables. Merci, Jean Paul, pour tout.

Angela Downs-Rigaut, Triel-sur-Seine, mai 2005

Jean Paul Rigaut

1944- 2005

When he was seven, his father's job took the family to London where they lived for the next five years.  There, Jean Paul attended the French Lycée and became bilingual - a chance which served him well in later years. Both on arriving in England and on returning to France, he somehow managed to skip a whole year, and thus obtained son baccalauréat at the tender age of 15, having missed out on all formal teaching of grammar, despite which he wrote in exemplary French - and English!  Despite his undeniable research leanings, he began by studying medicine, judged by his family to be more respectable and lucrative than science (he was apparently recognised as the youngest-ever student to enrol at the Faculty of Medicine in Paris).  He never regretted this choice, but once his medical studies were completed - and in parallel with his work as a hospital doctor - he began his formal scientific studies (degree in Biochemistry, University Paris 7, 1972; diploma in Embryology, University Paris 6, 1974; Ph D in Biology, University Paris North, 1978).

During these latter years, he was working as a doctor in the public sector in the northern suburbs of Paris (département Seine-Saint-Denis).   His chosen specialities were Maternity and Neonatology.  He delivered thousands of babies and performed routine examinations of new-borns in two large suburban hospitals (at Saint-Denis and Aulnay-sous-Bois).  His medical thesis (1970) concerned the screening of new-borns for potential hip dislocations through systematic clinical examination, and the subsequent treatment of affected infants who could almost invariably be  cured by wearing specially designed abduction knickers for the first few months of life.  He concluded that "only neonatal screening in maternity units can provide the possibility of eradicating the consequences of disclocable hip disease".  He continued his work as a neonatologist in Aulnay long after accepting a permanent scientific position, first at University Paris Nord (in 1980) and subsequently with the national health and medical research institute INSERM.  It was however one of his great regrets that his recommendations concerning early neonatal screening for hip dislocations were not implemented by the state, and it is perhaps partly for this reason that he finally ceased all clinical activity in 1988.

In addition to his hospital-based  work,  Jean Paul was  consultant doctor for several public nurseries (crêches) - where he encouraged the mothers to offer tasty food (Roquefort cheese, for example) to their young children - and, in collaboration with the local social services,  provided free consultations in the huge shanty-town then existing at Saint-Denis.   He was one of the few officials accepted in the shanty-town, where he was welcomed as the "doctor in sandals".  It was clearly  an important  formative experience in his full and varied life.

From 1975 onwards, while preparing his PhD, Jean Paul also taught biological science at the University Paris North.  At this time, his scientific research was unrelated to medicine; it dealt with the izoenzymes of … fish!  Jean Paul loved to tell how he scoured fishmongers' stalls in search of different species of fish  for his experiments (later in life, he became expert in cooking … fish!).  After obtaining his PhD in 1978, he was offered a position at the national institute for fisheries research (IFREMER) at Roscoff in Brittany. As a lover of Brittany, he must have been very tempted, but finally - in October 1980 -  preferred to accept a full-time post as lecturer at Paris North University.  He thus essentially ceased all clinical work, with the exception of a much reduced activity in neonatology at the hospital of Aulnay-sous-Bois.

His research continued in the Laboratory of Developmental Biology and Differentiation in the Biomedical faculty of the University at Bobigny, directed by Mme M-T Chalumeau.  He thus abandoned his work on fish in favour of more biomedical research, in particular in carcinogenesis.  His close colleagues included Michel Kraëmer,  Jean Foucrier and Jany Vassy and they formed a small closely knit  team.  It was, for him,  a happy time with plenty of hard work but also lots of fun and laughter.  Always fascinated by models, whether biological or mathematical, and in response to the pressing needs of the laboratory,  he interested himself increasingly in  quantitative methods: firstly stereology, becoming a member of ISS (International Society for Stereology) in 1979 , and then - very rapidly - image analysis.  He was among the first to work on the estimation of stereological parameters by automated image analysis (Caryometric determination of ploidy by automated image analysis (Leitz TAS) on liver sections, Mikroscopie 1980).  Following his early experience with the TAS of Leitz, he was able to acquire (not without difficulties in importing it from Germany), the first IBAS (Kontron) in France.  It was around this time, and partly to help pay for the IBAS, that Jean Paul accepted a contract with the European Commission to prepare an official report on the toxic effects of nickel.  As usual with Jean Paul, there were no half measures and his final report, completed in 1983, contained a mammoth 1009 pages!  As expert consultant for the Commission, he participated actively in the WHO (Copenhagen) Working Group for Directives on Air Quality for Inorganic Carcinogenic Pollutants (1984-1987) and in the International Committee on the Evaluation of the Epidemiology of Nickel, chaired by Sir Richard Doll (1984-1990).  In Bobigny, his innovative teaching of epidemiology inspired at least one of his students to follow a successful career  in risk evaluation; she tells how his course was the only one in which new knowledge was acquired in the course of the final exam, and that she now tries to follow this example with her own students in the University of Montreal.

The arrival of the IBAS in Bobigny posed serious space problems, resolved (very temporarily) by Mme Chalumeau moving her desk into the corridor to make way for the IBAS in her office!  This resulted in a rapid unblocking of the situation and Jean Paul set to work with his legendary enthusiasm, developing computer programmes which he shared generously with collaborators in several countries of Europe. It was a highly productive period, rich in collaborations, notably with research laboratories in Algeria, Norway and Sweden.  Several of these collaborations continued for many years and resulted in deep and enduring friendships.

In 1984, Jean Paul obtained his third and final doctorate ("Doctorat d'Etat ès-Sciences Naturelles",  a higher degree no longer in existence) for his collection of published work on morphometric models and their use in computer-automated biometry. Leaving Bobigny, he moved to the biomathematics and biostatistics unit (URBB: director Alain-jacques  Valleron) of the French national institute of health and medical research (INSERM), where he was joined a few years later by Jany Vassy.  At URBB, he directed the image analysis group and taught image analysis and stereology to biomathematics students at the University Paris 7.   Remaining at URBB until 1995, he supervised doctoral students working on subjects such as the application of stereological methods to the interpretation of DNA histograms from sectioned cell nuclei, computer simulation of tissue architecture and prognostic grading in histopathology.   Dieter König,  well-known specialist of point processes from Berlin, spent a sabbatical year in Paris and co-directed a thesis applying these methods to the analysis of tissue architecture in cell pathology.  Jean Paul himself became more and more interested in fractals (J. Microsc 1984) and participated regularly  - until March 2004 - in the series of fractal symposia organised by Gabriele Losa at Ascona in Switzerland.

One day, Jean Paul returned very excited from a meeting in Cambridge where he had seen the first demonstration of the new confocal microscope.  It represented a revolution and he had to have one - immediately!  Luckily, it proved possible to redirect a sum of money ear-marked for other equipment, and the first confocal microscope (Biorad) arrived very soon in the lab.  In close collaboration with Jany Vassy (still in Bobigny, but soon to join URBB) for specimen preparation, work on confocal microscopy took off (development of new quantitative methods and applications of all sorts).

In 1995, despite serious health problems (his brain tumour was diagnosed in August 1994), Jean Paul achieved his ambition to found his own laboratory of image analysis in cellular pathology (AIPC), set up within the University Institute of Haematology (IUH, University Paris 7) situated at the hospital Saint-Louis in Paris.Thanks to the creation of a small biological laboratory (non-existent at URBB) and the proximity in the Institute of other biologists, the collaborations based on the confocal microscope increased and diversified, while the arrival of Damien Schoëvaërt in the Laboratory opened the way to research on image analysis of living cells.  In  histopathology, research became mainly concentrated on prognostic markers for breast and prostate cancer.  With new students, Jean Paul set out to attack the problems posed by tumour heterogeneity, participating in three of four specialised workshops held at Kananaskis, Canada.  He had the idea to use geostatistical methods, developed at the Ecole des Mines, Fontainebleau, to quantitate the degree of intra-tumour heterogeneity from single histologic sections of tumour biopsies. His last student, Vénus Sharifi-Salamatian, obtained her PhD on this topic in November 2002 and their joint article was published in 2004 (J. Microsc).

During his 25 years of scientific research, Jean Paul published or co-published a total of 75 articles in peer-reviewed journals (30 as first author) and contributed around 20 chapters to multi-author books.  His preferred journals were Journal of Microscopy, for the more methodological papers (11 articles, 6 as first author), with Analytical Cellular Pathology (ACP), Analytical Quantitative Cytology and Histology (AQCH) and Cytometry, for applications in cellular pathology (14 articles, mainly  as co-author with one of his students).  He also contributed extensively to Acta Stereologica.  At various times, he belonged to the editorial boards of all of these journals and his scientific rigour and pertinent comments made him a much-solicited referee for these and other journals.  He was an active and well-known member of a number of societies, notably the International Society for Stereology (ISS), the Royal Microscopical Society (RMS), the International Society for Analytical Cellular Pathology (ISAC), the European Society for Analytical Cellular Pathology (ESACP), the International Society for Diagnostic Quantitative Pathology (ISDQP), l'Association Francaise de Cytométrie (AFC, honorary member since 1998) et La Société Francaise de Biologie Théorique (SFBT).  He travelled a great deal and presented or co-presented a large number of communications in national and international congresses.  His former students are dispersed far and wide, not only in France and elsewhere in Europe but also in the USA and Canada.  They will surely miss him, as will his many friends and colleagues in Europe and elsewhere.

On a more personal note, I feel privileged to have shared the last 25 years with Jean Paul.  We met through ISS congresses, firstly in Ljubljana in 1981, and then -  somewhat explosively - in  Gainesville, Florida in 1983, and were thus a "stereological" couple.  I owe him a great deal, both professionally and personally.  I miss him, and will continue to miss him, enormously, but I also retain and cherish so many unforgettable memories.  Thank you, Jean Paul, for everything.

Angela Downs-Rigaut,  Triel-sur-Seine, May 2005